Nanopore的三代全长分析通常包括以下步骤:
1. 数据预处理:首先需要将原始的Nanopore测序数据进行质量控制、去除接头序列、过滤低质量序列等处理,以得到高质量的clean reads;
2. 参考基因组比对:使用软件将clean reads与参考基因组进行比对,以获取高质量的mapping reads;
3. 读段组装:对mapping reads进行组装,可以使用现有的组装软件,如Canu、Flye等。
4. 冗余过滤:对组装得到的contigs进行冗余过滤,以去除重复的序列。
5. 错误校正:使用第二代测序数据对contigs进行错误校正,可以使用软件如Pilon、Racon等。
6. 基因注释:对得到的contigs进行基因注释,以确定其中的基因、基因结构、功能等信息。
7. 比较基因组分析:将得到的contigs与已知的参考基因组进行比较,以分析差异性基因、基因结构的变化等信息。
以上就是Nanopore三代全长分析的一般步骤,具体实施时需要根据具体情况进行调整和优化。