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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

blast

我有一个已知基因的序列，同时我有三(N)个不同水稻材料S1 S2 S3的全基因组序列s1.fq1.gz s1.fq2.gz ，s2.fq1.gz s2.fq2.gz， s3.fq1.gz s3.fq2.gz我如何在这些水稻材料里面找是否存在这个基因?

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张建鹏初级会员用户来自于: 浙江省杭州市
2023-05-31 16:36

你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs

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发布时间: 2023-05-30 15:22

更新时间: 2023-05-31 16:36

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