要在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图，可以使用WGCNA软件包中的plotHeatmap函数。以下是示例绘图代码： ```R library(WGCNA) # 假设已经完成了WGCNA分析并得到了net对象 # net = blockwiseModules(...) # ... # 绘制模块标识的层次聚类树状图和模块颜色图例 plotDendroAndColors(net$dendrograms[[1]], moduleColors[net$blockGenes[[1]]], "Module colors", dendroLabels = FALSE, hang = 0.03, addGuide = TRUE, guideHang = 0.05) # 获取样本中基因的表达矩阵 geneExpr = as.data.frame(tdata$datExpr) # 根据模块标识对基因表达矩阵进行重新排序 moduleLabels = net$colors[net$blockGenes[[1]]] geneExpr = geneExpr[, order(moduleLabels)] # 绘制基因表达热图 plotHeatmap(geneExpr, col = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50), scale = "none", main = "Gene expression heatmap") ``` 上述代码中，首先使用plotDendroAndColors函数绘制模块标识的层次聚类树状图和模块颜色图例。然后，通过获取样本中基因的表达矩阵，并根据模块标识对基因表达矩阵进行重新排序，最后使用plotHeatmap函数绘制基因表达热图。利用这种方法，可以在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图。