关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

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chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图

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问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？

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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

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关于生存分析的问题

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进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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问 TCGA数据下载

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问 我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数

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