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如何知道自己测序的adapter序列？

序列处理

测序的adapter序列是需要测序公司提供还是自己用什么软件也可以查看到？

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Jarning 初级会员用户来自于: 安徽省合肥市
2018-08-26 08:36

可以利用fastqc先对你手里的数据进行质控，在fastqc report中的最后一栏里，fastqc会将你数据中的adapter列出。参考fastqc的官方文档： [url]https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis%20Modules/10%20Adapter%20Content.html[/url] 当然，这个时候，你只知道adapter的name，如果要对应序列，可以参考： [url]https://github.com/csf-ngs/fastqc/blob/master/Contaminants/contaminant_list.txt[/url] 目前测序数据中最有可能出现的adapter基本上就是illumina universal adapter了，其序列如下 >Multiplexing_Read_1_Sequencing_Primer_3_to_5 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT >Multiplexing_Read_2_Sequencing_Primer_3_to_5 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC 公司能直接提供adapter序列是最好的。

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发布时间: 2018-08-25 18:05

更新时间: 2018-08-26 08:37

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