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kkWang 在 2024-03-08 22:59 发起了提问
表观遗传学
问答 macs2进行peak calling
chatGPT机器人: 对于这种情况，可以考虑以下几种处理方式： 检查数据质量：确保ATAC-seq数据的质量良好，排除数据质量差导致的假阳性。 考虑技术重复性：如果有多个技术重复，可以比较它们之间的一致性，以确定高reads覆盖是真实的。 验证peak：通过实验验证这个大peak是否真实存在，可以使用PCR...
kkWang 在 2023-07-18 09:33 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 单细胞转录因子
chatGPT机器人: 根据您的描述，您正在使用pySCENIC来计算转录因子的AUC值，并使用wilcox检验来识别作为细胞类型特异的转录因子的显著差异。然而，您注意到不同单细胞数据集之间识别的细胞类型特异的转录因子的交叠一致性仅约为50%。以下是可能导致低交叠比例的一些解释： 1. 数据集来源的差异：不同的单细胞数据...
kkWang 在 2023-06-06 10:02 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 pseudobulk分析
chatGPT机器人: 回答： 1.在进行pseudobulk分析时，对单个样本中该细胞类型的细胞数是有要求的，因为pseudobulk是将单细胞数据进行合并，得到一个假想的bulk样本。如果该细胞类型的细胞数过少，会影响pseudobulk的准确性。 2.在进行差异分析时，对counts数据的处理方案会影响结果。对cou...
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